Caratterizzazione del modello di diversità genetica nella specie Cucumis melo L.

Il gruppo di ricerca del Prof. Luigi Ricciardi ha pubblicato sulla prestigiosa rivista internazionale BMC Genomics i risultati relativi alla caratterizzazione genetica della specie Cucumis melo L. ottenuti nell’ambito del progetto BiodiverSO.

Nell’articolo “Genotyping-by-sequencing of a melon (Cucumis melo L.) germplasm collection from a secondary center of diversity highlights patterns of genetic variation and genomic features of different gene pools” (Pavan et al., 2017) si  riferisce dell’applicazione, per la prima volta in melone, della metodologia del Genotyping By Sequencing (GBS).  Come riportato nell’articolo, la Puglia rappresenta un centro secondario di diversità della specie, in cui sono presenti diverse varietà botaniche la cui caratterizzazione tassonomica non è del tutto univoca ed è basata soprattutto su caratteristiche morfologiche. Le analisi GBS sono state effettuate su 72 genotipi di melone d’inverno, carosello e barattiere, collezionati su tutto il territorio pugliese, ottenendo 25.442 marcatori molecolari di tipo SNP (Single Nucleotide Polymorphism). I principali risultati ottenuti hanno consentito in primis di evidenziare un’ampia variabilità genetica nelle accessioni analizzate, utile per la valorizzazione del materiale accessionato e conservato presso le camere di conservazione del DiSSPA. In secondo luogo, i risultati scaturenti dal lavoro contribuiscono in maniera significativa all’analisi tassonomica della specie. Infatti, l’ultima classificazione disponibile raggruppava il carosello e il barattiere in un’unica varietà botanica denominata chate; i dati di caratterizzazione molecolare e l’analisi di clusterizzazione dimostrano  invece che sono nettamente distinti (Fig. 1) e che quindi possiedono differenti pool genici, utili per il miglioramento della specie. La rivista GBS è ad accesso aperto. L’articolo può essere letto e scaricato qui.

Figura 1 – Struttura genetica ottenuta mediante elaborazione di marcatori SNP. I gruppi di colore rosso, verde e blu indicano, rispettivamente, i pool genici del melone inodorus (I), del barattiere (B) e del carosello (C).

Pavan S, Marcotrigiano AR, Ciani E, Mazzeo R, Zonno V, Ruggieri V, Lotti C, Ricciardi L, 2017. Genotyping-by-sequencing of a melon (Cucumis melo L.) germplasm collection from a secondary center of diversity highlights patterns of genetic variation and genomic features of different gene pools. BMC Genomics, 18(1):59. doi: 10.1186/s12864-016-3429-0

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