Caratterizzazione molecolare delle cime di rapa

Il CNR-IBBR ha raccolto 45 accessioni di cima di rapa in Puglia. Una parte di queste, raccolte nelle prime fasi del progetto, è stata allevata in campo per la caratterizzazione morfo-agronomica. Al fine della caratterizzazione molecolare, sono state prelevate le foglie per l’estrazione del DNA . In particolare, sono stati utilizzati otto singoli individui per accessione, in modo da poter valutare la variabilità genetica sia intra-accessione che tra accessioni diverse.

Una volta macinate le foglie in azoto liquido, il DNA è stato isolato e controllato su un gel di agarosio e allo spettrofotometro per apprezzarne quantità e qualità.

Per la valutazione della variabilità genetica possono essere scelte diverse classi di marcatori molecolari. In questo caso, abbiamo deciso di utilizzare i marcatori microsatelliti, detti anche SSR (single sequence repeat). Si tratta di sequenze di pochi nucleotidi ripetuti enne volte (ad esempio AGAGAGAGAGAGAG; CTGCTGCTGCTGCTG) che, per la loro natura, sono molto diffuse nel genoma e sono normalmente abbastanza variabili da poter, in alcuni casi, permettere di distinguere varietà differenti.

Le porzioni di genoma contenenti regioni SSR vengono amplificate (in modo da averne tante copie) e successivamente separate su un sequenziatore automatico, così da poter determinare l’esatta lunghezza dei frammenti di DNA amplificati per ogni singolo individuo. Quello che si osserva al sequenziatore sono dei picchi di colore diverso (a seconda del fluoroforo che abbiamo utilizzato in fase di amplificazione), di cui è nota la dimensione, grazie alla presenza di uno standard interno ad ogni campione. Questi dati vengono poi letti e successivamente analizzati con programmi statistici.

Con il DISSPA dell’Università di Bari abbiamo concordato di utilizzare gli stessi marcatori SSR, in modo da poter confrontare i risultati su tutte le accessioni di cima di rapa raccolte nell’ambito del progetto.