L’analisi della struttura molecolare del cavolo riccio

Il DiSSPA ha collezionato, moltiplicato e caratterizzato 19 popolazioni di cavolo riccio. La caratterizzazione molecolare è stata effettuata, come già detto in un precedente post, con marcatori di tipo SSR, utilizzando 35 coppie di primer, di cui  12  hanno consentito di evidenziare polimorfismi all’interno e tra le popolazioni.  Le amplificazioni sono state effettuate utilizzando fluorocromi e visualizzate tramite il sequenziatore automatico in fluorescenza ABIPRISM 3100. Le 12 coppie di primer hanno consentito di identificare 46 alleli polimorfici tra le popolazioni in studio. I dati di polimorfismo sono stati elaborati con il software Genealex 6.5, calcolando i parametri utili alla stima della diversità genetica intra e inter popolazione:  il numero di alleli identificati, il range delle dimensioni degli ampliconi ottenuti (espresse in pb), il grado di eterozigosi osservata (Ho), attesa (He), l’indice di Shannon (I), l’indice di fissazione (F) e il PIC (polymorphic information content) di ciascuna coppia di primer. Infine è stata condotta l’analisi della varianza molecolare (AMOVA), che ha evidenziato come la percentuale di polimorfismo tra le popolazioni fosse pari al 34% della varianza molecolare totale e quella intra popolazione pari al 66%. I dati di polimorfismo sono stati, inoltre, elaborati con il software POPTREEW, ottenendo un dendrogramma di similarità genetica che ha evidenziato l’ampia variabilità genetica acquisita, con particolare riferimento alla popolazione PSR_7/16, collezionata ad Altamura, nettamente differenziata dalle altre.

Tutti i dati acquisiti sono stati utili per la stesura di una pubblicazione scientifica in fase di pubblicazione sulla rivista internazionale “Diversity”.

Dendrogramma di similarità genetica ottenuto su 19 popolazioni di cavolo riccio con marcatori di tipo SSR

 

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